その後、野首さんから次のような報告をいただきました。
私も結構前から afio を使っています。しかし、リストア時に
時々おかしなハードリンクが張られてしまったり、ファイルサイズが 0 のファイルが
作られてしまったりと、不審な挙動にあっています。
いろいろと調べてみたところ、次のような動作に原因があるようです。
afio が作成するアーカイブファイル中の i-node 情報は、8^6分までしかない
afio がリストアをするとき、ハードリンクの復元は i-node 情報 を元に行う
すなわち、たまたま unsigned short 化されてしまった i-node 番号が同じ値に なる無関係なファイルがあると、それらがハードリンクされていると誤認して しまうのです。
野首さんが報告したおかげで、afio の作者が直す方向で動いてく れて、新バージョンは出ました。必ず新しいのを使いましょう。
以下、野首さんから別のコメントです(多謝!)。