NAT には適さないプロトコルも存在します。こうしたプロトコルについては、 二つの拡張がなされなくてはなりません −そのプロトコルのコネクションの追跡 に関する拡張と、NAT そのものの拡張です。
netfilter ディストリビューションの中には、 現在 FTP 用のモジュール −ip_conntrack_ftp.o と ip_nat_ftp.o があります。これらのモジュールをカーネルに組み込めば （さもなくばモジュールではなくカーネル自体に組み込めば）、 FTP コネクションに対してどの種類の NAT も使う事ができます。 もしモジュールを組み込まなければ、パッシブモードでしか FTP を利用できませんし、単純な送信元 NAT 以外に何かしようとしても、 確実に動作してくれないかもしれません。