この分野で始終利用するアプリケーションに Blast があります。 Blast が支障なく動作するためにパッチが用意されています。 しかしそれだけが支障なく動く手段ではありません。
まずこのパッチには既知の問題があります。また Blast のバージョンに よっては、segmentation fault が起こることがあります。この現象はたいてい の場合、インターネットからダウンロードしてきた作成済みデータベースに起因 しています。 未処理のデータベースに対して formatdb をかけると、エラーが解消される場合 があります。
blast パッチの次は、たくさんの方々が利用している MPIBlast です。openMosix が MPI を高速化する傾向にある、という事実があります。openMosix にこの設定を入れると、素晴らしい結果になるかもしれません。しかしこの事実を 確認するには、さらに調査をする必要があります。