Unix系のシステムでは、ソフトウェアをソースで配布し、 各自が自分のシステム上でコンパイルを行うという運用が行われています。 このような方法と比べて、パッケージによって管理を行う利点がいくつかあります。 (もちろん、ソースからコンパイル、インストールを行うことを否定しているわけではありません。:-)
ソフトウェアの中には、 別のソフトウェアがインストールされていることを前堤としているものもあります。 このような場合は、そのソフトウェアのドキュメントに記載されているはずですが、 パッケージ管理を行うことで、その情報を同一の手段で取得することが可能になります。
パッケージ管理を行うことにより、 システム内のファイルがどのソフトウェアのために存在するのかを把握することが容易になります。 また、パッケージの情報として、ソフトウェアのバージョンや、 システムにインストールされた日付などを記録しておくことにより、 システムにインストールされたソフトウェアの情報を得ることが容易になります。
ソースからコンパイルしてインストールしたソフトウェアは、 システムからのアンインストールが困難な場合もあります。 そこで、パッケージとして管理することにより、 ソフトウェアのアンインストールが容易になります。