不幸にも、これについて出来ることはそう多くありません。init は起動の度にこのファイルを再作成するので、毎回 iノード番号が変化するのです。これにより、そのファイルは LIDS には扱いにくくなります。このエラーは無害ですし、/etc/initrunlvl がなくてもシステムは適切に機能します。