いくつかの他のオペレーティングシステム（たとえば MS-DOS 6.0）は、それらの インストール手続きの中で、MBR を更新してしまうようです。それゆえ、そのような インストールの後、LILO が動作しなくなる可能性があるので、Linux はフロッピー ディスクから起動しなければなりません。/sbin/lilo を再実行する（LILO が MBR にインストールされていた場合）か、LILO のパーティションをアクティブにする （LILO が基本領域にインストールされていた場合）ことで、元の状態に復帰させる ことができます。
他のオペレーティングシステムをインストールした後に、LILO をインストールする 方が、一般的にはいいでしょう。たとえば OS/2 は、それをインストールしようと する時に既存の Linux システムに対して、障害を与えると言われています。（しかし フロッピーからの起動と /sbin/lilo の実行は、殆どの障害を克服してくれるに違い ありません）
通常は、新しいオペレーティングシステムは、それを起動するために、LILO の設定に 追加され（そして /sbin/lilo が再実行され）なければなりません。
いくつかの他のオペレーティングシステムにおける既知の問題については、その他の問題 セクションも参照してください。