このセクションは実際に起きたあまり一般的でない問題について纏めています。LILO を他のオペレーティングシステムと共に利用している場合の一般的な問題については、 他のオペレーティングシステムのインストールセクションも参照してください。 問題のいくつかは、まだ明瞭になっていないので、調査中です。
LILO のファイルを消しても、LILO が無くならない場合、Linux のパーティション その他をフォーマットしてください。あなたは MBR に LILO をインストールした のに、そのファイルを消す前に LILO をアンインストールするのを忘れたので しょう。今あなたができることを得るには、LILO のアンインストールのセク ションを参照してください。
未だ理由が分からないのですが、BIOS 設定の``Hard Disk Type 47 RAM area''が ``DOS 1k''ではなく、``0:300''に設定されいる場合、AMI BIOS であるシステム で不都合があります。
いくつかのディスクコントローラ BIOS は、Linux から見た（つまり BIOS を 通じてではない）デバイスのジオメトリの見え方とは、互換性のないディスクの ジオメトリ／アドレス変換を行います。特に大容量 IDE ディスクやいくつかの PCI SCSI コントローラでこの問題が見られます。このような場合、変換された ジオメトリを DISK セクションに指定するか、LINEAR オプションを使用して、 セクターアドレス変換を行うようにする必要があります。起動時にフロッピーを 通常は使わないセットアップ時などは、LINEAR オプションを使う方が、誤った 数値を指定する危険がないので、好ましいはずです。
OS/2 は、LILO を MBR にインストールして、第 1 ブートセレクターとして利用 すると、論理領域から起動できると言われています。この場合、OS/2 のブート マネージャは、アクティブな基本領域に置かれ、LILO がブートマネージャを起動 します。代わりに LILO を拡張領域に置くと、この筋書きでは、OS/2 の FDISK を破壊すると言われています。
ブートマネージャから LILO を起動する（つまりブートマネージャが第 1 ブート セレクター）ことや（ブートマネージャを使わないで）基本領域から OS/2 を直に 起動することがも、一般的には可能です。他のオペレーティングシステムのインストールのセクションも参照して ください。
Windows NT は、LILO を MBR に置き、Windows NT のブートローダは DOS 領域に 置くことで、LILO と共存して起動ができると報告されています。しかし NT の ディスクマネージャは、パーティションテーブルを編集しようとする時に、MBR の LILO について何らか警告を発するようです。
いくつかの PC UNIX システム（SCO と Unixware はこの問題があると報告されて います）では、そのパーティションがアクティブである必要があります。これを 可能にするには、パーティションテーブルの書き換えセクションを参照してくだ さい。
Future Domain 社の SCSI アダプター TMC-1680 の BIOS バージョン 3.4 と 3.5 は誤った順序で BIOS デバイス番号を割り当てます。たとえば、ディスクが 2 つ のシステムでは、/dev/sda が 0x81 となり、/dev/sdb が 0x80 になります。 これについては、以下のように DISK セクションを指定することで回避できます。 disk=/dev/sda bios=0x81 disk=/dev/sdb bios=0x80 ただこの指定は、ディスクが 2 つの場合のみ有効であることに注意してください。 ディスクが 3 つのシステムでは、/dev/sdc が 0x80 になったりします。また、 単一ディスクの場合は、この問題は起きません（そして``修正''もこの問題を解決 してくれるでしょう）
いくつかの BIOS は異常なパーティションテーブル（たとえばアクティブ領域が ない）をもったディスクを認めず、そこからのブートを拒否します。この問題は 第 2 ハードディスクの場合も同じですが、この場合は、特定の方法（たとえば コールドブートの直後など）で起動した場合にしか起こらないでしょう。
いくつかのシステムでは、LINEAR と COMPACT、または、LBA32 と COMPACT を 一緒に指定すると起動に失敗します。正確な再現状況はまだ分かっていません。
マルチプロセッサーシステムの起動で、カーネルがクラッシュした場合、LILO が BIOS によって設定されたデータ構造を上書きすることがあります。このような 場合は、LARGE_EBDA オプションを使用してください。